Alors que le capitaine Spöring reste introuvable malgré les recherches de son équipage, Alfonsino, Pénélope Sharpshooter et Duncan Dimanche se retrouvent bloqués à bord d'un étrange vaisseau spatial. Ils n'imaginent pas que c'est peut-être là, en orbite au-dessus de la Terre, qu'ils trouveront les réponses aux questions qui entourent les Alphas, ces mystérieux dieux qui ont eu le pouvoir de créer l'humanité... mais qui ont aussi celui de la détruire.
D'un côté, les membres d'équipage du SS Robin Suzumiya. Embarqués par le capitaine Spöring dans une mission d'exploration des fonds marins et de collecte des vestiges de la civilisation humaine, cela fait déjà quelques temps qu'ils sont en mission sans en connaître le véritable but. Loin à la surface, dans son village sur pilotis, le jeune Alphonsino s'apprête à passer l'épreuve initiatique du gratte-coque. Au fond de la mer, il est attiré par une pierre luminescente qui scellera son destin... Il y a aussi la jolie Agnès, tenue en vie dans une sphère de liquide par un savant peu scrupuleux, et que tente de sauver Ducan Dimanche. Ils ne le savent pas encore, mais les destins de ces héros vont bientôt se croiser...